わけがわかりません

先日から、使ってるノートPCで奇妙な現象が続いているので、思い切ってシステムを再構成することにする。
データは、逐次バックアップされてるんだけど、保護対象となってない領域もあるので、それらを含めて丸ごとバックアップしてみる。
USB2.0で接続した外付けHDDにバックアップしてるんだけど、動作がどうにも遅い。
これじゃぁ、保護システムに任せてバックアップさせた方が、まだ速い・・・。
どういう事なんでしょうか・・・。